Azz.. controllerei queste impostazioni: sotto la fase a gruppi "league settings (all groups)" c'è una voce che si chiama "qualification rules". Lì deve essere specificato che 2 si qualificano per il prossimo turno (number of top places mi pare che si chiami l'impostazione, deve essere 2).
Poi controlla cosa c'è impostato sotto "teams" nel turno degli ottavi